Tåkern bildades när sjön avsnördes från det salta Yoldiahavet för ca 10 000 år sedan. Under 1800-talet sänktes många sjöar för att få ny åker- och betesmark. Tåkern sänktes 1842-44 med 1,7 meter. Det blev startskottet för fågelsjön Tåkern. Vattendjupet blev efter sänkningen endast 0,8 meter. Vassarna runt sjön började breda ut sig och strandängarna runt sjön var välbetade. Tåkerns epok som fågelsjö hade börjat, och som sådan är sjön således inte äldre än 165 år. Tåkern är en av Nordeuropas mest betydelsefulla häcknings- och rastplatser för många fågelarter.

Hittills har 276 fågelarter setts vid sjön. Ett drygt hundratal av dem häckar här, som t ex svarttärna, rördrom, brun kärrhök och trastsångare. Vid Tåkern finns Nordeuropas största vassområde som upptar en yta motsvarande ca 2400 fotbollsplaner.

Tåkerns strandängar omfattar drygt 450 ha. De har skapats genom att den mark som kom fram vid sjösänkningen år 1844, sedan dess har hävdats genom bete eller slåtter. Strandängarna är så kallade kalkfuktängar med en mycket artrik flora. Här finns majvivor och ett flertal orkidéarter, t ex flugblomster, ängsnycklar och honungsblomster.

För att bevara strandängarnas mångfald och förhindra igenväxning är det viktigt att de ständigt hävdas genom bete eller slåtter. De allra flesta strandängarna sköts med hjälp av betesdjur. Varje år betar ca 800 djur vid sjön, mestadels nötdjur. En mindre del av arealen, ca 25 ha, sköts med hjälp av slåtter. Utöver bete och slåtter krävs även andra insatser i form av röjning av sly och buskar. Totalt krävs det stora insatser för att upprätthålla Tåkerns kulturskapade naturvärden. Skötseln bekostas av Naturvårdsverket och Tåkernfonden.

För att inte störa fåglarnas häckning är det förbjudet att vistas inom reservatet under tiden 1/4-30/6. Särskilt markerade vägar, besöksområden och vandringsleder är dock undantagna från förbudet.

Den 25 maj 2012 invigdes naturum Tåkern – sveriges vassaste – vid besöksområde Glänås.