Borghamns kalkkärr är nära Vättern. Området ligger direkt på kalkberggrunden, som här och var ger intrycket av alvarmark med dess typiska vegetation. Ställvis finns vätar och kalkrika kärr. I området har flera orchidéer påträffats, samt snäckor, som är beroende av kalkkärr. Vid kalkkärret finns ett nerlagt kalkbrott, som har påverkat hydrologin i området. Trots detta så består naturvärdena. Väster om området passerar en gång- och cykelväg vilket gör området lättbesökt. Området är tätortnära och ingår även i Vadstena kommuns naturvårdsprogram.